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复旦大学 2014上海市研究生暑期学校

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一、背景
随着深度测序技术的发展与成熟,产生了海量的基因组/表观基因组的数据(包括各类常见和罕见变异、insertion/deletion, CNVs, RNA-seq, mRNA-seq, methylation-seq and Chip-seq),统计遗传学和系统生物学方法是当前研究多基因复杂疾病易感性,复杂疾病的发生机制和疾病防治与药物开发的主要技术手段,并将成为我国基因组医学自主创新的重要条件。越来越多的证据表明,复杂疾病是由多基因,基因-基因相互作用,基因与环境相互作用所引起的。这些基因和基因,基因与环境的相互作用,或者更广泛地说遗传,表观遗传和环境形成一个多层次的复杂生物网络。正是这些复杂网络的变异引起了疾病的发生与发展。研究疾病的发生与发展的主要工具是统计遗传学和计算系统生物学。 统计遗传学运用遗传学与数学的理论和方法,归纳整合群体遗传学、遗传流行病学、数量遗传学、生态遗传学和分子遗传学等分支学科内容,涉及遗传连锁分析、遗传关联分析、群体遗传结构与分化分析等众多内容。特别是随着Illumina,ABI 等公司新的测序技术的推广应用,基于大规模全基因组测序数据的深度分析将成为多基因复杂疾病遗传易感性关系和基因定位研究的主要方法。
然而,针对这种全基因深度测序数据的分析,统计遗传学面临着巨大挑战和革命性变化,本讲习班将提供标准多变量分析到功能数据分析、独立取样数据到非独立取样数据、低解析度数据到高解析度数据、单个基因组/表观基因组变异到多个整合基因组/表观基因组数据分析的全套解决方案。目前,国际上在该领域的试验设计和统计分析技术进展很快,为此在复旦大学和中科院马普计算生物学所的共同支持下举办本次暑期学校、旨在满足这种需求并为中美统计遗传学领域的专家学者、计算系统生物学家、从事复杂疾病遗传易感性研究的专业人员、生物信息科学工作者和学生提供一个互相交流的平台,并为今后的项目交流和相互合作创造条件。
因此本暑期学校的目的是:1)举办一个组织良好和高品质的短期课程,探讨统计遗传学和基因组学的前沿发展和方法;2)促进复旦大学和各国大学、研究所的国际合作;3)为研究人员/学生与外国专家互动交流提供一个宝贵的平台;4)提供文化交流和跨文化学习的独特机会。
 
二、暑期学校主题统计遗传学与基因组学
 
We recognize that next generation sequencing technologies have raised expectations for new genomic and epigenomic knowledge that will be translatable into novel therapeutics and insights into human health issues. However, immense biomedical complexities obstruct clinically valuable discoveries hidden under the deluge of high dimensional data and extensive analyses. To develop new analytic paradigms and novel statistical methods for sequence-based genomic and epigenomic data analysis needs to overcome the serious limitations of the current paradigms and statistical methods for genomic and epigenomic data analysis which has mainly been designed for microarray data. We will also need to confront the great challenges of genomic and epigenomic data analysis raised by the next-generation sequencing (NGS).   
 
By this workshop, we will gain insights of the statistical challenges arising from next-generation sequencing data analysis and foster discussions about the paradigm shift in genomic and epigenomic data analysis. The presented concepts, methods and algorithms will open a new avenue for the attendee on the analysis of genomic and epigenomic data generated by the NGS.
 
本期暑期学校将采取中英文授课,并对来自海外的国际学员开放。
 
三、会议日程
2014年8月17日    会议注册报到(全天8:00-23:00)地点:复旦大学生命科学学院和卿云宾馆(邯郸校区内)
   2014年8月18 日    上午:开幕式:上海市学位办、研究生院和生科院领导致辞
特邀报告(金力)
1. Historical psychiatry genetics
(a) Moving from Common to Rare variants
(b) Moving from gene-based to pathway
18日下午 专题:统计遗传学理论方法培训与研讨
      1.复杂疾病基因定位中的连锁分析方法及fbat/pBAT上机实习(YinYao)
      2. 群体基因组学与基因定位研究(徐书华)
18日晚上 上机实习(Yin Yao):计算中心三楼
2014年8月19日    上午: 特邀报告(卢大儒)
2. Family-based association studies for common and rare analysis
(1) Family-based association analysis: from candidate gene to Gwas and NGS (weighted and un-weighted Yin Yao)
(2) Family-based association studies for quantitative traits with NGS data (Yin Yao)
(3) Analysis of gene expression microarray data (Huiqi Qu)
19日下午 专题:统计遗传学理论方法培训与研讨
1.  群体遗传结构对关联分析的影响(何云刚)
2.  人类群体中正向选择信号的检测(汪思佳)
19日晚上 上机实习(Harold Wang):计算中心三楼
2014年8月20 日    上午:特邀报告(张锋)
3. Next ten years of genomic and epigenomic data analysis (Momiao Xiong)
4. Association studies for next-generation sequencing (NGS)
(1) Qualitative trait (Mo-Miao Xiong)
(a) Burden Test
(b) Functional principal component analysis
(2) Quantitative trait (Momiao Xiong)
(a)The functional linear model for QTL analysis with NGS data
(b) Other statistical methods for QTL analysis with NGS data
20日下午 专题:比较基因组学和分子进化中的统计分析方法(谷迅)
20日晚上 上机实习(苏志熙):计算中心三楼
2014年8月21日    上午:特邀报告(李辉)
4. Interaction analysis with NGS
(1) Qualitative trait (Momiao Xiong)
(2) Quantitative trait (Momiao Xiong, Futao Zhang)
(3) Interaction analysis with functional response data and its application to sleep apnea (Momiao Xiong)
(4) softwarefor interaction analysis with NGS data (Momiao Xiong, Futao Zhang)
21日下午 专题:
1.等位基因表达的功能基因组学研究(屈会起)
2.理解复杂的转录组:从头到尾(倪挺)
21日晚上 上机实习(倪挺) :计算中心三楼
2014年8月22日    上午:特邀报告
5. SAS的初步介绍及应用举例(赵耐青、吕敏之)
统计遗传学和群体遗传学基础及举例(王久存)
22日下午 专题:
         全基因组测序数据分析(周雁)
         22日晚上 上机实习(窦同海、安捷伦专家、吕敏之):计算中心三楼
2014年8月23日    Student Forum学生论坛(学员POSTER交流、评比和颁奖)
注:关于学生论坛,请学员提前准备好英文海报,与国际学员一起交流自己参与的科研项目,并将当场评选最佳海报奖项(若干)最佳海报将获奖金1000元。
2014年8月24日    市区生物多样性考察
2013年8月25日    代表离会
四、特邀报告人
1.金力博士、复旦-浩青特聘教授、中科院院士。研究领域涵盖医学遗传学、遗传流行病学、计算生物学、人类群体遗传学和基因组学。承担973、863等多项国家重点研究项目和重大课题。在国际学术刊物如Nature、Science、PNAS、American Journal of Human Genetics等发表论文200余篇。Human Genomics、现代人类学通讯主编。
2.熊墨淼,教授,博士生导师。现任美国德州大学公共卫生学院终生教授,复旦大学现代人类学教育部重点实验室兼职教授。主要研究领域为统计遗传学与系统生物学。在基因之间、基因与环境之间交互作用模型、遗传网络构建等方面成绩显著。在PNAS、American Journal of Human Genetics、Genetics等国际学术刊物发表论文100余篇。
3.Yin Yao,教授,博士生导师。哥伦比亚大学遗传学博士,法国里昂国际癌症研究所博士后。复旦大学现代人类学研究中心特聘教授,现为美国NIH精神疾病研究所研究员。多年来一致从事复杂疾病遗传易感性研究。先后主持和承担了多个NIH课题,具有丰富的复杂疾病遗传易感性研究关联分析工作经验。在Nature Genetics、Science、American Journal of Human Genetics、Cancer Research等国际学术刊物发表论文100余篇。
4.卢大儒,教授,博士生导师。复旦大学生命科学学院遗传学研究所教授。主要研究方向为基因组医学,人类遗传学, 基因治疗。发表SIC论文百余篇,获奖30余项。兼任中国遗传学会副秘书长等职,和实验生物学报、国外医学遗传学分册和突变癌变畸变杂志编委等。
5.谷迅,教授,博士生导师。美国爱亥华洲立大学遗传学系教授,复旦大学生命科学学院遗传学研究所教授。主要研究方向为比较基因组学、生物信息学、系统生物学。在国际学术刊物上发表论文多篇,获奖多项。
6.王久存,教授,博士生导师。现任复旦大学生命科学学院教授,复旦大学风湿、免疫、过敏性疾病研究中心副主任,现代人类学教育部重点实验室科研主管,硬皮病临床与研究国际协作网(InSCAR)执行委员,上海市免疫学会风湿免疫专业委员会委员。主要从事硬皮病、痛风、强直性脊柱炎等风湿免疫性疾病的分子流行病学研究及分子致病机理研究,肺癌等肿瘤致病机理的遗传学及表观遗传学研究。
7.徐书华,博士,现为中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所研究员、研究组长、博士生导师。主要从事人类群体遗传学和计算基因组学研究,包括混合人群的遗传结构、环境适应和基因定位策略等。部分相关工作发表在Science、American Journal of Human Genetics、Molecular Biology and Evolution等杂志30多篇。曾获全国百篇优秀博士论文、中科院青年科学家奖、上海市青年科技启明星、教育部自然科学奖(一等奖)(第二完成人)等。
8.何云刚,博士,中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所研究员。主要从事人类群体遗传学和计算基因组学研究,并着重于基因组多态性的群体遗传学, 计算基因组学和疾病研究中的计算生物学问题。部分相关工作发表在PNAS、Cell Research等杂志。
9.汪思佳,博士,研究员,博士生导师。现为马普Paul Gerson Unna青年科学家小组组长,加入中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所。主要从事人类群体遗传学研究。近年来的相关工作发表在Cell、PLoS Genetics、American Journal of Human Genetics等杂志。
10. 屈会起,博士,美国德州大学公共卫生学院助理教授,多年从事糖尿病的人类遗传学和功能基因组学研究,发现了多个新的1型糖尿病基因,并精确定位了一个决定内分泌胰腺发育的新基因RFX6。其新近对墨西哥裔美国人的糖尿病遗传研究揭示了影响胰岛素抵抗的重要机理。自2009年以来,屈会起担任Journal of Medical Genetics杂志(IF= 6.365)的副主编,并担任BMC Medical Genetics和其它数个遗传或糖尿病专业杂志编委。目前已在国际糖尿病和遗传专业刊物上发表论文50余篇。
11. 倪挺,博士,研究员,博士生导师。现为复旦大学生命科学学院研究员并入选中组部“青年千人”计划。主要从事真核生物全基因组水平的基因表达调控研究。针对转录起始、过程调控、转录终止这三个核心环节,系统创建了基于高通量测序方法的转录研究体系,特别是转录起始位点、反义转录体和多聚腺苷酸加尾的全基因组水平精确定位。在Nature Methods(一作), Nature Protocols(一作), Nature(共同作者), PNAS(共同作者, 三篇)等杂志发表多篇重要论文。申请13项中美专利,5项已获授权。
12.赵耐青,教授,博士生导师。现为复旦大学公共卫生学院教授,主要研究方向为临床流行病学和流行病学中的卫生统计问题。先后在国内外学术刊物上发表论文多篇。主编并已出版2部教育部国家级十一五规划教材,同时参编了多本医学统计学教材。兼任中国卫生信息学会常委、中国卫生信息学会卫生统计教学专业委员会副主任委员等职务。
13.周雁,教授 
五、组织委员会
主任委员:金力 (复旦大学和中科院计算生物所)
委员:熊墨淼(复旦大学)、姚音(复旦大学)、卢大儒(复旦大学)、赵耐青(复旦大学)、徐书华(中科院计算生物所)、何云刚(中科院计算生物所)、谷迅(复旦大学)、汪思佳(中科院计算生物所)
秘书长:王久存教授(复旦大学)
六、联系方式                   
联 系 人:钱吉 王玲娥
通讯地址:上海市邯郸路220号复旦大学遗传学研究所200433
电话:021-55664474
传真:021-65642426
E-mail: jiqian05@gmail.com
七、主办单位:复旦大学、中科院-马普计算生物学伙伴研究所
八、承办单位:复旦大学现代人类学教育部重点实验室
九、上课时间2014年8月17至2014年8月25日
十、上课地点:上海市复旦大学
上课注册报到地点: 复旦大学邯郸校区 卿云宾馆大堂
具体上课地点:复旦大学邯郸校区内(18日上午在逸夫楼报告厅,18日下午后在三教3106室)
十一、会议注册费:
a.2014731日前为最后报名时间:
本科生:免(部分边远和贫穷生将获交通和食宿补贴)
研究生:600/
其他工作人员:1000/
国外人员:1500/
b.会议注册费说明
注册费包含资料费、餐费。
7月31日之前请通过网上(loca.fudan.edu.cn/sgc_main.html)注册交费,名额有限(共100人)、请尽早报名。
一般代表的交通费、住宿费回原单位报销。
c.厂商注册及会务:
会议费:人民币壹万伍仟元整(RMB 15,000元)
厂商活动展示:企业展位1个,宣传册1份。
d.注册费汇寄
(1)银行汇款方式:
户名:复旦大学
帐号:中国农行五角场支行营业部033267-08017003441, 用途:论坛会议费
请注明:“统计遗传学与基因组学暑期学校”
十二、住宿标准:标准间价格:校内公寓100元/人、校内及周边宾馆180-380元/人
 
复旦大学现代人类学教育部重点实验室
2014年5月
来源:/zhaoshengxinxi/zhaoshengjianzhang/fudandaxue_4063.html

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